Từ khi chế độ cộng sản ở Ba Lan sụp đổ năm 1989 nhiều đồng nghiệp cũ và các đối thủ chính trị của ông (trong đó có Anna Walentynowicz[19], Andrzej Gwiazda[19] và tổng thống Ba Lan hiện thời Lech Kaczynski[20]) đã cáo buộc ông là người chỉ điểm bí mật của cơ quan công an mật vụ cộng sản Ba Lan - Służba Bezpieczeństwa trong đầu thập niên 1970 dưới bí danh "Bolek". Lời cáo buộc này, cùng các lời chứng và các tài liệu tương ứng đã được đưa ra trong phim tài liệu Nocna zmiana và Plusy dodatnie, plusy ujemne. Ba quyển sách về vụ này đã được xuất bản: Sprawa Lecha Wałęsy (2008), Lech Wałęsa. Idea i historia (2009) và SB a Lech Wałęsa. Przyczynek do biografii[21] (2008).

Quyển chót, do các sử gia của "Viện quốc gia tưởng nhớ" (Institute of National Remembrance, IPN) viết, Sławomir Cenckiewicz và Piotr Gontarczyk, lấy tài liệu thực từ các phương tiện thông tin đại chúng, đã gây ra một cuộc tranh luận nóng bỏng khắp nước. Sách gồm các tài liệu cũng như các lời khai của các nhân chứng và chú trọng vào lịch sử của các tài liệu đã biến mất khỏi hồ sơ UB lưu trữ của Wałęsa trong đầu thập niên 1990, và Wałęsa đã 2 lần xem chúng trong thời gian làm tổng thống. Theo các tác giả trên, sau khi Wałęsa trả lại các hồ sơ (nói trên), thì thiếu mất vài tài liệu. Wałęsa xác nhận có xem các tài liệu trên, nhưng phủ nhận việc lấy chúng. Sách này được coi là gây tranh cãi rất nhiều. Một số [ai nói?] sử gia đã chỉ trích sách này dựa trên cơ sở là bằng chứng đưa ra không rõ ràng. Một số người khác cáo buộc sách đó đã bôi nhọ danh tiếng của một anh hùng.[22]

Giận điên lên về việc tái xuất hiện các lời cáo buộc, trong tháng 3/2009 Wałęsa loan báo sẽ không tham dự các buổi lễ tưởng niệm 20 năm ngày chủ nghĩa cộng sản sụp đổ (ở Ba Lan), và nếu các lời cáo buộc vẫn tiếp tục, thì trước hết ông sẽ trả lại mọi huân chương và sẽ hoàn toàn rời khỏi Ba Lan.[23]